Vroeger was het Zuiderdiep een brakke getijdegeul met een open verbinding naar zee. Bij de aanleg van de Haringvlietdam heeft het waterschap deze geul ingedijkt en het water zoet gemaakt voor landbouw en natuur in een groot deel van Goeree-Overflakkee. Een aantal jaar geleden, na het Kierbesluit, heeft het waterschap het zoetwatersysteem op Goeree-Overflakkee veranderd met een nieuwe inlaat, een nieuw kanaal en nieuwe sloten.
Met het huidige onderzoek kan het waterschap aanzienlijke verbeteringen realiseren in de ecologie en waterkwaliteit van het Zuiderdiep en een meer natuurlijk peilbeheer implementeren. Dit sluit aan bij de opdracht van de Europese Kaderrichtlijn Water. Er wordt momenteel onderzocht of met bepaalde ingrepen het Zuiderdiep zoet kan blijven of kan worden omgevormd tot een brak binnenwater met flora en fauna die typerend zijn voor een brak natuurgebied.
